Responsable
Sylvain Brisse
Unité Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries Pathogènes
Institut Pasteur, Paris
Co-responsables
Laurence Armand-Lefevre
Hôpital Bichat-Claude-Bernard
AP-HP Nord-Université Paris Cité
laurence.armand@aphp.fr
Baptiste Demey
Faculté de Pharmacie
Amiens
Demey.Baptiste@chu-amiens.fr
François Gravey
Université Caen Normandie –
CHU de Caen
francois.gravey@unicaen.fr
Marisa Haenni
ANSES- laboratoire de Lyon
Lyon
marisa.haenni@anses.fr
Philippe Lehours
Université de Bordeaux
CNR des Campylobacters et Hélicobacters
philippe.lehours@u-bordeaux.fr
Guillaume Miltgen
CHU de La Réunion, Saint-Denis
Faculté de Santé, Université de La Réunion, Saint-Denis
guillaume.miltgen@chu-reunion.fr
Maxime Pichon
Université de Poitiers – UFR Médecine et Phamacie – CHU de Poitiers
Maxime.PICHON@chu-poitiers.fr
Description de la section
La section Épidémiologie et Génomique des Populations couvre le vaste champ de la biodiversité des souches au sein des espèces microbiennes, des liens entre les génotypes des souches et les phénotypes (en particulier virulence et pathogenèse), la dynamique des populations et la microévolution des souches. Les applications à l’épidémiologie (typage, épidémiologie moléculaire, réservoirs et voies de transmission) et à la santé publique (surveillance, diagnostics) sont également centraux dans les thèmes d’intérêt de la section. Un accent particulier est mis sur les nouvelles méthodes d’analyses des pathogènes et de leurs populations ou communautés : séquençages de nouvelles génération, génomique, métagénomique, bioinformatique. La section s’intéresse de façon très transversale à tous les types de pathogènes : bactéries, virus, champignons, parasites ; Et aux divers secteurs d’intérêt : microbiologie médicale, vétérinaire, environnementale ou industrielle.
Les articles de la section
- Émergence de la Dermatose Nodulaire Contagieuse en France : situation épidémiologique, diagnostic et stratégies de contrôle
publié le 8 janvier 2025 - Définition d’une souche épidémique et séquençage génomique : du seuil ‘magique’ aux seuils ‘ad hoc
publié le 29 juillet 2025 - La taxonomie des souches bactériennes à l’heure de la génomique
publié le 17 juillet 2023 - Comparaison des séquences génomiques pour la surveillance épidémiologique et l’investigation d’épidémies : 3 approches complémentaires
publié le 14 février 2023 - La saga de l’OXA-48 : voyage express chez les entérobactéries
publié le 30 juin 2022 - Palma F, Brisse S. Le virus Monkeypox : épidémiologie et évolution. Newsletter, Société Française de Microbiologie, June 2022.
- F. Palma, Brisse, S. Nommer les souches de SARS-CoV-2 : Une nouvelle approche pour prévenir la stigmatisation liée à la nomenclature basée sur l’origine géographique, tout en facilitant l’épidémiologie génomique et le suivi des variants. Newsletter, Société Française de Microbiologie, March 2021
- F. Palma, Brisse, S. Le Tsunami Omicron : noyade en eau tempérée ? Newsletter, Société Française de Microbiologie, Dec. 2021
- F. Palma, Brisse, S Variant Omicron du SARS-CoV-2: que sait-on et faut-il s’inquiéter ? Newsletter, Société Française de Microbiologie, Dec. 2021